https://repositorio.ufba.br/handle/ri/40585| Tipo: | Tese |
| Título: | Investigação do controle genético de variáveis relacionadas com a saúde do casco e conformação na raça holandesa |
| Autor(es): | Sousa Júnior, Luís Paulo Batista |
| Primeiro Orientador: | Pinto, Luís Fernando Batista |
| metadata.dc.contributor.referee1: | Pinto, Luís Fernando Batista |
| metadata.dc.contributor.referee2: | Oliveira, Hinayah Rojas de |
| metadata.dc.contributor.referee3: | Baleiro, Júlio César de Carvalho |
| metadata.dc.contributor.referee4: | Brito, Luiz Fernando |
| metadata.dc.contributor.referee5: | Cruz, Valdecy Aparecida Rocha da |
| Resumo: | Os principais objetivos deste estudo foram realizar estudos de associação genômica ampla, usando painéis de alta densidade imputados, de gado Holandês norte-americano, para oito características relacionadas a saúde do casco: dermatite digital (DD), úlcera de sola (US), hemorragia de sola (HS), doença da linha branca (DLB), erosão de talão (ET), dermatite interdigital (DI), hiperplasia interdigital (HI) e úlcera de pinça (UP), um índice de saúde do casco (ISC), para treze características de conformação corporal: escore de condição corporal (ECC), profundidade corporal (PC), qualidade óssea (QO), largura de peito (LP), capacidade leiteira (CL), ângulo do pé (ANG), visão das pernas dianteiras (VPD), profundidade do talão (PT), altura frontal (AF), locomoção (LOC), visão traseira das pernas traseiras (VTPT) , visão lateral das pernas traseiras (VLPT) e estatura (ST) e um índice composto de pontuação de pés e pernas (IPP). Valores genéticos estimados de- regredidos (dEBVs) de 39.135 animais da raça Holandesa foram usados como pseudofenótipos para as análises de associação. O controle de qualidade de genótipos, faseamento de genótipos e imputação de genótipos foram realizados usando os softwares PLINK, Eagle e Minimac4, respectivamente. Um modelo linear misto foi usado para estimar os efeitos SNP no pacote GCTA. As análises genômicas funcionais foram realizadas utilizando o pacote GALLO R e a plataforma DAVID. Um total de 22 SNPs significativos foram encontrados para DD, 34 para ET, 14 para DI, 22 para HI, 28 para HS, 33 para US, 24 para UP, 43 para DLB, 15 para ISC, 20 para ECC, 60 para PC, 13 para QO, 17 para LP, 27 para CL, 13 para IPP, 8 para ANG, 7 para VPD, 19 para PT, 4 para AF, 10 para LOC, 13 para VTPT, 15 para VLPT e 7 para ST. Os marcadores significativos foram localizados em todo o genoma, exceto nos cromossomos BTA 27. Além disso, essas regiões genômicas se sobrepõem a vários loci de características quantitativas (QTL) previamente relatados para características de exterior, de saúde, carne e carcaça, leite, produção e reprodução. As análises de enriquecimento identificaram 71 termos de ontologia genética significativos. Esses achados indicam que as características de saúde dos cascos e de conformação são altamente poligênicas e influenciadas por uma ampla gama de processos biológicos. |
| Abstract: | The main objectives of this study were to perform genome-wide association studies using imputed high-density genetic markers data from North American Holstein cattle, for eight hoof-related traits: digital dermatitis (DD), sole ulcer (US), sole hemorrhage (HS), white line lesion (DLB), heel horn erosion (ET), interdigital dermatitis (DI), interdigital hyperplasia (HI) toe ulcer (UP) and a hoof health index (ISC), for thirteen body conformation traits: body condition score (BCS), body depth (PC), bone quality (QO), chest width (LP), dairy capacity (CL), foot angle (ANG), front legs view (VPD), heel depth (PT), height at front end (AF), locomotion (LOC), rear legs rear view (VTPT), rear legs side view (VLPT) and stature (ST) and a composite feet and leg score (IPP). De- regressed estimated breeding values (dEBVs) from 39,135 Holstein animals were used as pseudo-phenotypes for the association analyses. The molecular marker quality control, genotype phasing, and genotype imputation were performed using the PLINK, Eagle, and Minimac4 software, respectively. A mixed linear model was used to estimate SNP effects in the GCTA package. The functional genomic analyses were performed using the GALLO R package and the DAVID platform. A total of 22 significant SNPs were found for DD, 34 for ET, 14 for DI, 22 for HI, 28 for HS, 33 for US, 24 for UP, 43 for DLB, 15 for ISC, 20 for ECC, 60 for PC , 13 for QO, 17 for LP, 27 for CL, 13 for IPP, 8 for ANG, 7 for VPD, 19 for PT, 4 for AF, 10 for LOC, 13 for VTPT, 15 for VLPT and 7 for ST. The significant markers were located across the whole genome, except on the chromosome BTA27. Moreover, these genomic regions overlapped with various previously reported quantitative trait loci (QTL) for exterior, health, meat and carcass, milk, production, and reproduction traits. Enrichment analyzes identified 71 significant gene ontology terms. These findings indicated that hoof health and body conformation traits are highly polygenic and influenced by a wide range of biological processes. |
| Palavras-chave: | Gado leiteiro Resistência a doenças Doença dos cascos Medidas |
| CNPq: | CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS |
| Idioma: | por |
| País: | Brasil |
| Editora / Evento / Instituição: | Universidade Federal da Bahia |
| Sigla da Instituição: | UFBA |
| metadata.dc.publisher.department: | Escola de Medicina Veterinária e Zootecnia |
| metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Zootecnia (PPGZOO) |
| Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
| URI: | https://repositorio.ufba.br/handle/ri/40585 |
| Data do documento: | 15-Set-2023 |
| Aparece nas coleções: | Tese (PPGZOO) |
| Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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