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Universidade Federal da Bahia |
Repositório Institucional da UFBA
Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/38134
Tipo: Dissertação
Título: Regiões genômicas associadas à variação da coloração da pelagem em bovinos da raça gir
Autor(es): Maciel, Silel Vinicius Simões Andrade
Primeiro Orientador: Camargo, Gregório Miguel Ferreira de
Segundo Orientador: Alves, Jackeline Santos
metadata.dc.contributor.referee1: Camargo, Gregório Miguel Ferreira de
metadata.dc.contributor.referee2: Costa, Raphael Bermal
metadata.dc.contributor.referee3: Zadra, Lenira El Faro
Resumo: No Brasil, as raças zebuínas representam mais de 80% do efetivo bovino, sendo a Gir uma das raças de grande importância, principalmente para a produção leiteira. A raça possui doze diferentes fenótipos de coloração de pelagem (vermelha, amarela, vermelha gargantilha, amarela gargantilha, vermelha chitada, amarela chitada, chitada de vermelho, chitada de amarelo, chita clara, moura clara, moura escura e moura de vermelho). A coloração da pelagem influencia na termorregulação, adesão de ectoparasitas, podendo estar associada a aspectos produtivos e reprodutivos. A pelagem faz parte da caracterização racial e há ainda predileção de criadores por determinadas colorações. Devido à falta de conhecimento sobre os mecanismos de herança que expliquem as variações de pelagem na raça, objetivou-se realizar um GWAS para identificar genes candidatos para o fenótipo de pelagem e realizar o mapeamento fino do gene MC1R, gene esse já relatado afetando a pelagem em outras raças bovinas. Um total de 574 animais da raça Gir, genotipados com chip comercial da Zoetis de baixa densidade (29.842 SNPs) foram utilizados em nove cenários de associação genômica ampla (GWAS) fazendo uso da metodologia single-step. Além disso, foi coletado material biológico de 46 bovinos da raça Gir de todas as pelagens registráveis e de 1 animal com o fenótipo barroso não registrável, para a realização de PCR e análise das sequências do gene MC1R para realização do mapeamento fino do gene. Nos diferentes cenários da análise de GWAS foram encontradas regiões presentes no BTA3, BTA6, BTA8, BTA9, BTA10, BTA16, BTA18, BTA21 e BTA26. Após análise das regiões obtidas no GWAS foram listados genes candidatos nos diferentes cenários, mostrando ser uma característica de ordem poligênica. Sugere-se também um possível efeito epistático na determinação da pelagem da raça Gir, como já é observado em outras raças bovinas. Além disso, observou-se alguns polimorfismos e trocas de aminoácidos no gene MC1R, nas posições c. 311 G>del, c.416 C>T (p.Ala139Val), c.460 A>C (p.Ser154Arg), c.583 T>C (p.Phe195Leu), c. 663 T>C (p.Ile221Ile) e c. 871 A>G (p.Ala291Thr) e froam formados 7 haplótipos. Há sugestão de alguns haplótipos do MC1R causarem despigmentação em bovinos da raça Gir. No presente estudo, avaliaram-se os efeitos genéticos sobre a coloração da pelagem e também foram propostos novos genes candidatos influenciando a característica na raça Gir. Possibilitando-se assim, direcionar estudos futuros que busquem decifrar a arquitetura genética da característica e o desenvolvimento de marcadores genéticos para seleção.
Abstract: In Brazil, the Zebu breeds represent more than 80% of the cattle herd, with the Gir being one of the breeds of great importance, mainly for dairy production. The breed has twelve different coat color phenotypes (red, yellow, choker red, choker yellow, calico red, calico yellow, red calico, yellow calico, calico clear, clear moorish, dark moorish and red moorish). The coat color of the influences thermoregulation, adhesion of ectoparasites, and may be associated with productive and reproductive aspects. The coat is part of the breed qualification and there is still a predilection of breeders for certain colors. Due to the lack of knowledge about the inheritance mechanisms that explain coat variations in Gyr cattle, the objective was to perform a GWAS to identify candidate genes for the coat phenotype and perform fine mapping of the MC1R gene, a gene that has already been reported to affect the coat in other cattle breeds. A total of 574 Gir animals were genotyped with a commercial Zoetis low-density chip of 29,842 SNPs were used in nine genomic wide association (GWAS) scenarios using the single-step methodology. In addition, biological material was collected from 46 Gir cattle of all registerable coats and from 1 animal with the depigmented phenotype for PCR and analysis of the MC1R gene sequences for fine gene mapping. In the different scenarios of the GWAS analysis, regions were found present in BTA3, BTA6, BTA8, BTA9, BTA10, BTA16, BTA18, BTA21 and BTA26. After analysis of the regions obtained in the GWAS, candidate genes were listed in the different scenarios, proving to be a characteristic of polygenic order. A possible epistatic effect is also suggested in determining the coat of the Gir breed, as already observed in other bovine breeds. Furthermore, some polymorphisms and amino acid exchanges were observed in the MC1R gene, at positions c. 311 G>del, c.416 C>T (p.Ala139Val), c.460 A>C (p.Ser154Arg), c.583 T>C (p.Phe195Leu), c. 663 T>C (p.Ile221Ile) and c. 871 A>G (p.Ala291Thr), thus forming 7 haplotypes. There is a suggestion that some MC1R haplotypes cause depigmentation in Gyr cattle. In the present study, the genetic effects on coat color were evaluated and new candidate genes influencing the trait in the Gir breed were also proposed. Thus, making it possible to direct future studies that seek to decipher the genetic architecture of the trait and the development of genetic markers for selection.
Palavras-chave: Melhoramento genético animal
Pelagem - Raça gir
SNP
Associação Genômica Ampla
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
Idioma: por
País: Brasil
Editora / Evento / Instituição: UNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIA
Sigla da Instituição: UFBA
metadata.dc.publisher.department: Escola de Medicina Veterinária e Zootecnia
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Zootecnia (PPGZOO)
Tipo de Acesso: Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil
metadata.dc.rights.uri: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
URI: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/38134
Data do documento: 21-Jul-2023
Aparece nas coleções:Dissertação (PPGZOO)

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