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https://repositorio.ufba.br/handle/ri/38194
Registro completo de metadados
Campo DC | Valor | Idioma |
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dc.creator | Vaz, Sara Nunes | - |
dc.date.accessioned | 2023-10-23T17:25:06Z | - |
dc.date.available | 2023-10-23T17:25:06Z | - |
dc.date.issued | 2021-12-10 | - |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufba.br/handle/ri/38194 | - |
dc.description.abstract | Background: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the cause of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Although Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) of respiratory specimens is the reference standard test for detection of SARS-CoV-2 infection, collecting nasopharyngeal swabs (NPS) and/or oropharyngeal swabs (OPS) causes discomfort to patients and may represent a considerable risk for healthcare workers. The use of saliva as a diagnostic sample has several advantages. Objectives: The aim of this study is to validate the use of saliva as a biological sample for diagnosis of COVID-19 and to evaluate the test performance of the Xpert Xpress SARS-CoV-2 cartridge assay in comparison to a conventional qRT-PCR testing, using saliva as biological specimen. Method: This study was developed at Complexo Hospitalar Professor Edgard Santos (C-HUPES), in Salvador, Brazil. Participants presenting with signs/symptoms suggesting SARS-CoV-2 infection, underwent a NPS and/or OPS, and self-saliva collection. Saliva samples were diluted, RNA isolation and qRT-PCR were performed. Results of conventional versus saliva samples testing were compared. Saliva samples were used to validate the Xpert Xpress SARS-CoV-2 platform. Statistical analyses were performed using Statistical Package for the Social Sciences software (SPSS) version 18.0. Descriptive statistics, Fisher and MannWhitney tests were performed; kappa coefficient, and coefficient of determination and correlation were calculated. Results: One hundred fifty-five participants were recruited, and samples pairs of NPS/OPS and saliva were collected. The sensitivity and specificity of RT-PCR using saliva samples were 94.4% (95% CI 86.4 – 97.8) and 97.6% (95% CI 91.7 – 99.3), respectively. The accuracy of the test using saliva was 96.1%. Forty saliva samples from symptomatic participants were collected. In the Xpert Xpress assay, the median cycle threshold value of the E gene was 29.7, and of the N2 gene was 31.6. In the conventional assay, the median cycle threshold value of the E gene was 34.9, and of the RdRp gene was 38.3. The correlation between Xpert Xpress platform genes was 98%; between conventional PCR genes was 86%; and between E gene from the two assays was 78%. Conclusions: The use of self-collected saliva samples is an easy, convenient, and low-cost alternative to conventional NP swab-based molecular tests. These results can allow a broaden use of molecular tests for management of COVID19 pandemic, especially in resources-limited settings. | pt_BR |
dc.language | por | pt_BR |
dc.publisher | Universidade Federal da Bahia | pt_BR |
dc.subject | SARS-CoV-2 | pt_BR |
dc.subject | COVID-19 | pt_BR |
dc.subject | Saliva | pt_BR |
dc.subject | Diagnóstico molecular | pt_BR |
dc.subject | GeneXpert | pt_BR |
dc.subject.other | SARS-CoV-2 | pt_BR |
dc.subject.other | COVID-19 | pt_BR |
dc.subject.other | Saliva | pt_BR |
dc.subject.other | Molecular diagnostics | pt_BR |
dc.subject.other | GeneXpert | pt_BR |
dc.title | Saliva como amostra biológica na detecção do SARS-CoV-2 | pt_BR |
dc.title.alternative | Saliva as a biological sample in the detection of SARS-Cov-2 | pt_BR |
dc.type | Tese | pt_BR |
dc.publisher.program | Pós-Graduação em Medicina e Saúde (PPGMS) | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFBA | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE | pt_BR |
dc.contributor.advisor1 | Martins Netto, Eduardo | - |
dc.contributor.advisor1ID | https://orcid.org/0000-0003-1691-6761 | pt_BR |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/1091943838920616 | pt_BR |
dc.contributor.advisor-co1 | Drexler, Jan Felix | - |
dc.contributor.referee1 | Alves, Carlos Roberto Brites | - |
dc.contributor.referee1Lattes | http://lattes.cnpq.br/1544352610426043 | pt_BR |
dc.contributor.referee2 | Daltro, Carla Hilário da Cunha | - |
dc.contributor.referee2ID | https://orcid.org/0000-0003-1115-688X | pt_BR |
dc.contributor.referee2Lattes | http://lattes.cnpq.br/0128953882955652 | pt_BR |
dc.contributor.referee3 | Santos, Sílvia Caroline Oliveira | - |
dc.contributor.referee3Lattes | http://lattes.cnpq.br/6579672884696975 | pt_BR |
dc.contributor.referee4 | Souza, Fabianna Marcia Maranhão Bahia | - |
dc.contributor.referee4Lattes | http://lattes.cnpq.br/6874140636809666 | pt_BR |
dc.contributor.referee5 | Sá, Marcia Lilian Sampaio e Sampaio | - |
dc.contributor.referee5Lattes | http://lattes.cnpq.br/8472808968977223 | pt_BR |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/4053660971033232 | pt_BR |
dc.description.resumo | Introdução: O coronavírus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) é a causa da Doença por Coronavírus 2019 (COVID-19). Embora a reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa em tempo real (qRT-PCR) de amostras respiratórias seja o teste padrão de referência para a detecção de infecção por SARS-CoV-2, a coleta de swabs nasofaríngeos (NPS) e/ou orofaríngeo (OPS) causa desconforto aos pacientes e pode representar um risco para profissionais de saúde. O uso da saliva como amostra diagnóstica apresenta várias vantagens. Objetivos: Validar o uso de saliva como amostra biológica para o diagnóstico de COVID-19 e avaliar o desempenho do teste Xpert Xpress SARS-CoV-2 em comparação com o teste de qRT-PCR convencional, utilizando saliva como espécime. Casuística e Métodos: Este estudo foi desenvolvido no Complexo Hospitalar Professor Edgard Santos (C-HUPES), em Salvador, Brasil. Os participantes que apresentaram sinais/ sintomas sugerindo infecção por SARS-CoV-2 foram convidados a fornecer amostras de NPS/ OPS e saliva auto-coletada. Amostras de saliva foram diluídas, o RNA viral foi isolado e amplificado por qRT-PCR. Os resultados dos testes com mostras padrão de referência e de saliva foram comparados. Amostras de saliva foram usadas para validar a plataforma Xpert Xpress SARS-CoV-2. As análises estatísticas foram realizadas com o software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) versão 18.0. Foi realizada estatística descritiva; realizados os testes de Fisher e Mann-Whitney; calculado o coeficiente kappa, coeficiente de determinação e de correlação. Resultados: Cento e cinquenta e cinco participantes foram recrutados, e amostras de pares de NPS / OPS e saliva foram coletadas. A sensibilidade e especificidade do qRT-PCR usando amostras de saliva foi 94,4% (IC 95% 86,4 - 97,8) e 97,6% (IC 95% 91,7 - 99,3), respectivamente. A acurácia do teste utilizando saliva foi 96,1%. Quarenta amostras de positivas de saliva foram utilizadas para a validação da metodologia baseada em cartucho. No ensaio Xpert Xpress, o valor de ct do gene E foi 29,7 e do gene N2 foi 31,6. No ensaio convencional, o valor de ct do gene E foi 34,9 e do gene RdRp foi 38,3. A correlação entre os genes da plataforma Xpert Xpress foi 98%; entre os genes do ensaio convencional foi 86%; e entre o gene E dos dois ensaios foi 78%. Conclusões: O uso de amostras de saliva auto coletadas é uma alternativa fácil, conveniente e de baixo custo aos testes moleculares convencionais baseados em NPS/OPS. Esses resultados podem permitir um uso mais amplo de testes moleculares para o manejo da pandemia de COVID19, especialmente em ambientes com recursos limitados. | pt_BR |
dc.publisher.department | Faculdade de Medicina da Bahia | pt_BR |
dc.type.degree | Doutorado | pt_BR |
Aparece nas coleções: | Tese (PPGMS) |
Arquivos associados a este item:
Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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Tese_de_Doutorado_Sara_Nunes_Vaz (1).pdf | Tese de doutorado Sara Nunes Vaz | 1,69 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
documento_DECLARAÇÃO_nº_8179.pdf | Declaração de confiabilidade e fidedignidade da informação presente no documento. | 11,73 kB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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