Análise de alterações genômicas por meio do sequenciamento do exoma completo em uma serie de casos de displasias epiteliais orais

Abstract

As lesões clínicas associadas com o desenvolvimento do carcinoma oral de células escamosas, neoplasia maligna oral de maior importância, são conhecidas como desordens orais potencialmente malignas e, em muitos casos, correspondem histopatológicamente a displasias epiteliais orais. Atualmente é considerado a divisão destas em baixo e alto graus para melhorar a concordância entre os patologistas. As bases genômicas das displasias epiteliais orais são desconhecidas e não existe um método confiável de avaliação de risco de transformação maligna. Entendendo que mutações somáticas são responsáveis pela transformação da mucosa displásica a câncer, e que estas variações genômicas poderiam representar marcadores objetivos para determinar potencial de transformação maligna, realizou-se sequenciamento do exoma completo em dez amostras de displasia epitelial oral de pacientes brasileiros e chilenos. Foram identificadas 42 variantes capazes de produzir alterações de alto impacto nas estruturas aminoacídicas de 39 genes. Deste total de variantes, seis são novas e foram identificadas nos genes: FAM198B, CBWD5, PKD1L3, LRRC37A2, GAREM1 e GIPC1. Observou-se mais de uma variante de efeito deletéreo nos genes TP53I11 e CELA1 As amostras de displasias epiteliais de alto grau mostraram uma tendência a acumular maior número de variantes de sequência de efeitos deletéreos que aquelas de baixo grau. Foram identificadas variantes exclusivas em amostras de displasias de baixo e alto graus. A variante SNV de efeito deletério localizada no gene SIX1, considerado um oncogene, foi observada em todas as amostras. Variantes de secuencia nos genes OR6C1,GABRG3, KRT24, MRPL27 e LAMA5 foram identificados em todas as amostras de displasias de baixo grau, e nos genes: ACTN2, TP53I11, GLYCTK e CELA1 foram observadas em todas as amostras de displasias de alto grau. Sendo assim, estes genes são sugeridos como possíveis marcadores de displasias epiteliais orais. É importante realizar novos estudos com um maior número de amostras que possam confirmar ou refutar as informações obtidas no presente estudo.

Clinical conditions associated with the development of oral squamous cell carcinoma, the most important oral cancer, are known as oral potentially malignant disorders and, in many cases, correspond to oral epithelial dysplasias. Nowadays, the division of these in low and high grades is considered to improve agreement among pathologists. The genetic basis of oral epithelial dysplasias is unknown and there is no reliable method of evaluating malignant transformation risk. We understand that somatic mutations are responsible for the transformation of the dysplastic mucosa to cancer. In addition, these genomic variations could represent objective markers to determine potential for malign transformation. In the present study, We performed whole exome sequencing in ten samples of oral epithelial dysplasia of Brazilian and Chilean patients. We identified 42 variants able to produce high-impact alterations in the amino acid structures of 39 genes. Of these total variants, six are new and have been identified in the genes: FAM198B, CBWD5, PKD1L3, LRRC37A2, GAREM1 and GIPC1. More than one deleterious effect variant was observed in the TP53I11 and CELA1 genes. High-grade epithelial dysplasia samples showed a tendency to accumulate more deleterious effect sequence variants than low-grade ones. Exclusive variants have been identified in low and high grade dysplasia samples. The deleterious effect variant SNV located on the SIX1 gene, considered an oncogene, was observed in all samples. Sequence variants in the OR6C1, GABRG3, KRT24, MRPL27 and LAMA5 genes were identified in all low-grade dysplasia samples, and in the genes: ACTN2, TP53I11, GLYCTK and CELA1 were observed in all high-grade dysplasia samples. Thus, these genes are suggested as possible markers of oral epithelial dysplasias. Further studies with more samples should be performed with to confirm or refute the information obtained in the present study.